Efectivamente, puedes actualizar sin problema que podras seguir jugando a tus copias de seguridad.
No hay que confundir las actualizaciones que traen los juegos (que actualizan la version de la consola) con las actualizaciones que sacan los desarrolladores de chip para su chip (que logicamente actualizan el chip).
Si modificas la consola por soft, al actualizarla de version te desinstala lo que tenias instalado ya que las actualizaciones las sacan para eso, para tapar agujeros de seguridad y la forma que tienen de asegurarse de que actualizas la consola es incluirlas en los juegos. Asi, si quieres jugar no te queda otra que actualizar.
Un saludo.