A ver si me queda claro, ahora mismo tienes 2 3DS y una 2DS, una es la New 3DS normal que es donde tienes tu ID y el juego de Zelda LBW, luego tienes la nueva New XL de Zelda con el Zelda MM y una 2DS con el Tomodachi con el ID de tu mujer no?
Lo que quieres hacer es pasar el Zelda MM a tu cuenta para tenerlo tu y tu mujer pasar su cuenta de 2DS con el Tomodachi a la New ZL de Zelda no?.
Habría que mirar si haciendo una transferencia de una consola sin ID y con juego a otra con ID si seria lo mismo y se fusionarían ambas con el ID de la que tenia. Pero bueno en teoría la forma que te a dicho Anubi debería funcionar, eso si es una putada esperar los días pero al final seria:
Pasar los datos de tu New a la New Xl de Zelda y tras 7 días volver a hacer el traspaso inverso, osea de la New XL de Zelda a la New blanca. Así tendrías en tu consola tu ID y tus juegos+Zelda MM, luego tendrás una New XL de Zelda totalmente limpia sin nada con lo que tu mujer podría hacer el traspaso de datos de su 2DS y pasar su ID y el tomodachi.
Saludos!