A lo que entendi creo que intentas una transferencia de emunand 9.7 a sysnand 9.0, entonces te dire que solo es posible hacer esta transferencia a new3ds 9.0-9.2 si tienes spoofing via CFW NTR y aun con el CFW instalado en la new3ds tendrias problemas por que la emunand de la old tendria que estar en el rango de 9.0 a 9.5 y como dentro de emunand creo no se puede hacer spoofing, tu unica opcion es actualizar tu sysnand de la old a 9.0 o 9.2 (por cualquier metodo) y ya podras transferir.
Tu otra duda es simple, en la old se borrara todo el contenido que tenias (lista de amigos, plaza mii, monedas, juegos de eshop, saves de juegos, etc.) y quedara como de fabrica (excepto el firmware) y en la new3ds el contenido que tenias anteriormente sera reemplazado por los datos de la old.