Hola,
se que ahora mismo no te servirá de nada, pero para la próxima te recomiendo que uses
Google Browser Sync.
Es una extensión que sincroniza tus favoritos y demás con un servidor de backup de Google. Si te llega a pasar esto, con conectar de nuevo al servidor, lo tendrías todo como la última vez que lo dejaste.
Y sobre lo que te ha pasado ahora, a ver si tienes suerte y encuentras el .bak. Aunque por lo que cuentas tiene pinta de que te has cargado tu perfil.