Normamente algunos programas necesitan salvar entre modificaciones supongo estas utilizando el editor de Yasu para esto..
Algunos editores como el de M3 o el de la cycloDS necesitaras asignar los cambios antes de cambiar de juego (salva antes de editar otro juego) algunos otros como el cheat editor (el que solo edita en *.xml para AR) necesitas estar editando tras cualquier pequeño cambio..
Tambien te recuerdo que en algunos de estos programas en necesario quitarle al archivo el atributo de "solo lectura" ya que se llegan a bloquear por algo tan simple....