Uno de los problemas que da el programador del matrix (y que yo pensaba que era cosa de mi ordenador) es que no suele hacer bien el contacto con el puerto de tu pc. Prueba a intentar programarlo mientras lo sujetas con una mano. Si te miras la búsqueda avanzada (va a ser un coñazo porque debe haber cientos de mensajes sobre programar el matrix) seguro que encuentras a más gente que ha tenido ese problema.
Otras soluciones serían comprobar que la pila no está agotada, probar con una pila no alkalina, usar otro pc para programarlo, intentar usar un pc con otro sistema operativo. En fin, que cuando se pone tonto el programador, se pone tonto de verdad...