Yo te puedo hablar del cd de windows xp mío, que es autoarrancable y es OEM, o sea, no es versión de actualización, sino completa, para equipos nuevos.
Una vez cambias en la BIOS la secuencia de arranque para que pille primero el cd y empieze a ejecutarse el cd de windows, éste te irá preguntando lo que quieres hacer. Si le dices que quieres instalar windows, después irá a un menú, donde te indica qué particiones tiene el disco o los discos, de qué tipo son y esas cosas. Es ahí donde debes seguir instrucciones y hacer lo qure ponga para deshacer particiones, crearlas y demás, ya que no tiene el FDISK, porque puedes usar tanto sistema de archivos FAT32 como NTFS.
Eso sí, haciéndolo así perderás toda la info del pc, así que haz backups antes.