Mira, te voy a dar mir apreciaciones.
Usa el formato WBFS para los juegos, con el WBFS managar o QWFSmanager para meterlos.
Con este formato los juegos ocupan menos y te cabran mas.
Actualiza los Cios de Hermes a sus ultimas versiones, la 5.1 creo. Deberias tener el 222, 223 y 224.
Recuerda que si usas elguno de estos Cios de Hermes, el pendrive va en el USB de abajo tumbando la consola.
Repecto al 249, pues hay versiones que funcionan mejor y otras peor con algunos dispositivos.
Yo uso la Rev 19 que me va muy bien.
Respecto a los loaders, el CFG USB LOADER que usas es muy bueno, pero deberias probar el Uloader que funciona a las mil maravillas con los Cios de Hermes.RECOMENDADO
En las opciones del CFG USB L, en las opciones del juego en concreto, puedes elegir con que Cios lanzarlo.
Yo uso este para Cios 249. Pero prueba los otros tambien.
Aunque yo uso Uloader.......
Con respecto al HDD, pues haces una particion y listo. Una formateada a tu gusto para juegos, y la otro NTFS para videos. La de juegos primaria.
Si aun asi siguen los problemas, usa el Pimp my wii para que te deje la consola OK, aunque no dices que version de firmware tiene tu wii.
Si siguen los problemas, gracias a dios en esteforo hay gente muy competente que te ayudara.
SLSD