si te indica a 100mb/s pues es eso de 100, si tu HDD-red soporta gigabit, o sea 1000, algo tienes que no es gigabit, la tarjeta de red del pc, el swich (supongo que usas uno), o incluso la longitud del cable de red, porque en una red gigabit deberias por lo menos consegir 20MB/s.
Y respecto a .... espera acabo de leer que tienes ese HDD conectado al routter COMTREND CT536, el mio es el 536+, y es solo de 100, ese es el problema, compra un switch gigabit, a mi me costo unos 45€, y en el conectas el routter, el pc y el HDD, y si la tarjeta de red del pc es de 1000, veras como va mas rapido, bastante mas...
Y eso de que a veces pierde la conexion, como accedes al HDD, por ftp, da algun dato mas.