A ver, si quieres formatear o cambiar el disco duro por otro mas grande, y conservar juegos de store y mas contenidos debes hacer lo siguiente:
Backup desde la PS3. Desde el propio menu de la PS3 puedes hacerlo (no recuerdo muy bien el lugar exacto, pero será algo de herramientas del sistema o algo asi)
Para esto deberías tener un disco duro externo donde guardarlo.
Luego, antes de hacer nada, instalate un programa que creo que se llama xreg plus, el cual hace una copia del registro de tu PS3.
Despues, formatea o cambia el disco duro (te lo formateará), restaura tu copia, y despues, con el mismo programa (xreg plus) se puede restaurar el registro.
Con eso, en principio, deberias tenerlo todo activado.
Yo no me informé bien, y aunque si hice una copia, y luego restauré la copia, los juegos de la store los tenia, pero me pedia activarlos. De todas las maneras, se puede solucionar si no has formateado el disco duro original, ya que hay un archivo (creo que se llama act.dat y se encuentra en la carpeta /home/0000001/ creo) que si lo copias a la misma carpeta del disco duro nuevo (o formateado), te activa esos contenidos..... pero al reiniciar la PS3, se elimina.
También es posible, que si tienes contenidos de juegos descargados, si no activas esos contenidos, los juegos no te funcionen bien, ya sea cargandolos desde el disco duro o desde el propio cd del juego. A mi me pasa con los guitar hero, que tengo canciones bajadas de la store, y si no las tengo activadas (mediante el metodo de copiar el fichero act.dat), se me queda pillado.