Puede que el desarrollador de NuGaSa no tenga nada que ver con el problema. Mirando un poco más parece que otros programas para lo mismo tienen el mismo problema, y he leido que puede ser cosa de libogc, aunque ha sido fugaz mi búsqueda, pero vamos... Que parece que la librería que se usa para acceder al sistema de ficheros puede ser la que tenga el problema.
Si alguno tiene el SD-Gecko puede usar algún otro como MCBackup, para probar al menos.