yo te hablo desde mi experiencia (no se si puedo hablar desde otro punto de vista xD), yo tengo chip instalado en mi consola (d2ckey) y a mi colega le he instalado el hombrew channel + un loadder + gekko, etc.... las diferencias son notables en cuanto al tiempo de carga (con chip 6x via software 3x) por lo que las cargas en ciertos juegos son mayores (concretamente el doble), recientemente el broza de mi colega actualizó y perdió ciertas cosillas (le dejó de funcionar el loader) y me tocó volver a instalar todo, etc...(con los riesgos de brick que supone para un noov el andar tocando ios, etc...) mientras que el chip NUNCA me ha pedido actualizar (tengo d2ckey y entre otras cosas no se puede actualizar xD aunque nunca ha dado un solo error y he metido juegos actuales) los loaders son eliminados o dañados con las actualizaciones de nintendo mientras que (al menos mi chip) nunca ha dejado de leer copias ni originales, tal vez hoy en día sea más sensato instalarse el loader por una cuestión de pasta (ya que este es gratis y el chip hay que pagarlo + instalacion si no sabes, yo me lo instalé y no tardé más de 20 min.) y porque tiene equipos detrás que lo irán mejorando día a día.
En resumen, el chip es más comodo y el loader más completo (tienes más aplicaciones) aunque en mi caso lo perfecto es tener chip y tener el homebrew (gekko os, znes, wadinstaler, etc...) o ahora mismo el softmii.
Saludos