La carpeta update que viene con algunos juegos es la actualizacion del sistema que necesita el juego. ej. Si un juego necesita el frimware 3.30 para funcionar pues el update es la version 3.30 por si tu consola tuviera un frim anterior.
Los updates de juegos no se pueden aplicar a los backup, por lo menos no descargandolos directamente desde la consola, ahi un proce intermedio por ahi para aplicarlas manualmente, pero creo que solo funciona con algunos juegos, no con todos.
Con los updates de los juegos no se actualiza el sistema...al menos de momento, quien sabe si mañana sony no implemanta algo para parchear el sistema por este metodo....