Pues yo me pasé el Skies of Arcadia en la Dreamcast y me parece una muy buena historia. Sin muchos giros de guión que marean mucho la perdiz sin venir a cuento, en otros juegos, vas a lo que vas. He votado por este, más que nada porque lo he disfrutado de cabo a rabo. Según entendí la versión de GC y la de DC no difieren mucho, en un par de misiones extras. Pero la historia es igual.
Cosa que no puedo decir los otros dos; no he tenido la sensación que me producía el Skies de "tengo que volver a jugar para saber que pasa". El ToS solo lo he probado, no he jugado mucho. Y en el Baten Kaitos estoy justo después de lo del Árbol de la Vida desde Junio xD.
Los tres me parecen muy buenos juegos, pero son totalmente diferentes, no se pueden comparar. A mi juicio.
Kai
EDIT: Una anécdota, cuando salió el Skies of Arcadia se ve que no se vendía muy bien. Y en el Centro Mail (actualmente Game) de mi ciudad hicieron un pack que incluía el Godzilla, por un precio bastante asequible, unos 30 euros. En esa época no tenía la consola, pero si lo llego a saber... xD