Tendrías que haber buscado un hilo que hay en este subforo sobre baterías donde ya está todo explicado antes de abrir este nuevo.
Pero en fin, respondiendo a lo que preguntas, no pasa nada, cuando el led del conector de alimentación está de color verde la batería no se está cargando, sólo cuando es de color naranja, y no es necesario sacar la batería. Yo mismo tengo un MacBook de los viejos donde sí se les podía quitar la batería, sin embargo no se la he quitado nunca y todavía dura prácticamente lo mismo que cuando lo compré hará casi 3 años.
Repito, mírate el hilo de baterías que allí está todo, cuidados, calibrarla (yo nunca la he calibrado y tampoco he tenido problema, pero dicen que va bien hacerlo), etc.