Ya he puesto los jumpers configurados, pero el problema me parece que está en la configuración de la bios. Me sale un apartado en el que salen el canal IDE 1, 2 y 3, y los HDD sata me salen en el canal 2 y 3 de IDE, cosa que es muy rara.
El onchip SATA mode lo he probado en todas las opciones y lo he dejado en enhanced y aparece PATA IDE canal 1, SATA Port 0/2 canal 2 y SATA Port 1/3 canal 3.