Hay que diferenciar entre conversor de 2D a 3D y conversor de SBS (side by side). Normalmente las teles 3D tienen 3 opciones en el menú 3D: conversor 2d-->3d, side by side horizontal o side by side vertical. En estos dos últimos casos la tele no convierte nada, sino que une las dos imágenes que tiene el video en una sola con su respectivo efecto 3d. Para ello el archivo tiene que estar partido en dos vertical o horizontalmente, aunque pierdes resolución ya que la imagen total resultante no está a 1080p..
En resumen, que lo que quieres se puede perfectamente, otra cosa es que busques que se vea lo mejor posible y ahí el reproductor bluray/pc no te lo quita nadie por temas de resolución de la imagen final.