Puede ser que tu disco duro tenga sectores defectuosos desde que lo compraste pero como hasta ahora no lo habías llenado tanto no se había tocado esos sectores y ahora que han sido tocado el scandisk encuetra archivos jodidos. Esta puede ser un suposicón.
Otra que el disco duro haya petado porque sí, un problema interno que ha ido degenerando hasta joderse del todo.
O finalmente a causa del continúo funcionamiento del disco duro, se ha pegado un recanlentón tremendo y que por esa causa los datos se hayan vaporizado (no es coña, es un propiedad ferromagnética).
Suerte.
PD: te sigue fallando?? no te fies y haz backups