No entiendo por que no quieres que el menú de carga esté junto a windows, que mas da? puedes poner a windows como sistema predefinido de carga y punto.
Lo que tu dices es cargar el /boot en el USB, pero el cargador de arranque va en el MBR, es decir, en la primera particion lógica del primer disco, aunque luego lea la informacion del /boot.
La única solucion que veo es que instales el cargador de arranque en el USB, poniendo que te carge primero los dispositivos USB, luego el disco duro, pero Ubuntu no te deja elejir donde instalarlo, te lo instala directamente en el MBR del disco duro.