Si solo borras el contenido de la carpeta cache no perderias las partidas guardadas. Te lo digo por encima encima porque no estoy seguro pero creo que el contenido de la carpeta cache son datos de juegos para que el acceso a ellos sea mas rapido (o algo asi). Seguro que alguien de por aqui podra explicarte mucho mejor su definicion pero en cuanto a lo que realmente te interesa puedes estar tranquilo que no perderias las partidas guardadas.
Es curioso eso que dices porque a mi me viene pasando lo mismo con algunos backups que he hecho, por ejemplo del lego star wars 2, el otogi (este curiosamente del original al disco duro perfecto pero al sacarlo del hd para pasarlo a dvd pues ya no va) y el larry MCL y ni borrando la cache ni gaitas. En cualquier caso a ti no tiene por que pasarte lo mismo.
Un saludo.