El eeprom_clear olvídate. Es para borrar la eeprom interna del arduino, y en tu caso no sirve porque tanto el programa como el bootloader están en la flash...
Lo raro es que al cargar otro programa no te borre el contenido de la flash (yo acabo de probar con un arduino nano y se borra perferctamente...). ¿Que arduino es el que estás usando?
De todas formas, si puedes prueba a cargar otro programa, o a variar el de blink para que parpadee más rápido. Bájale los valores de delay(1000) a delay(250) y si te parpadea más rápido, entonces es que tu arduino funciona pefectamente, y si no ejecuta el nuevo programa, entonces es que está dañado, y te tocará descambiarlo...
