Entonces para dejarla limpia, basta con hacer lo siguiente (que sepamos de momento los que hemos contestado):
-Desinstalar el Backup Manager.
-Comprobar con FTPServer si sigue ahí la carpeta y borrarla en caso de que así sea.
-Modificar los siguientes archivos, quitándoles las líneas relacionadas con el Backup Manager: game.dat y patch.dat que se encuentran en el directorio /dev_hdd0/vsh/pushlist/
-Desinstalar el FTPServer.
Una vez hecho esto, tendría que quedar (se supone) limpia la PS3 de evidencias de hackeo ¿no? El problema está, en si ahora es el FTPServer el que deja algún archivo por ahí igual que lo hace el Backup Manager...
Esto puede ser de ayuda en caso de que al final se quiera actualizar la consola después de haber probado el Backup Manager y demás, o por cualquier razón y evitar baneos futuros.
Un saludo y gracias a todos por contestar, cualquier cosa sería de gran ayuda!