creo que hay dos formas yo lo hice hace tiempo
1-con un ftp o multiman miramos en la caprta donde estan los trofeos y borramos la del juego que queramos, despues iniciamos ese juego y nos dara error y los borrara
2- hacer lo mismo que antes pero en lugar de iniciar el juego nos vamos al recovery y restauramos la base de datos de la ps3.
de todas formas te recomiendo googlear y encontrar una explicacion mas detallada para que asi no tengas ningun problema