Seguramente que de la misma manera que cogistes los canales PAL: actualizando. Te diría que borrases los PAL también para que asi no te confundas más (o los borres antes de actualizar). El problema es que la siguiente actualización es la famosa 3.3 (sobretodo si eres NTSC) que hasta ahora no hay solución del Trucha por si usas discos modificados.
Tambien puedes probar a usar los discos antibrick que bushing sacó hace tiempo. Son actualizaciones normales, aunque no se si no tienen los canales: http://hackmii.com/2008/05/semi-brick-fix-discs/