Synaptic no es de gnome, es un programa aparte.
Esas ventanas pequeñas que no se pueden maximizar son así porque los desarrolladores lo han querido, dudo que sea una limitación de las librerías o algo por el estilo.
Si tienes en ambos sistemas la misma versión de synaptic tal vez sea algo configurable, pero ni idea de cómo. Mira a ver si encuentras algo en gconf-editor.