sigo yo, a ver si sacamos algo en claro entre todos
parece ser que los laboratorios donde te encuentras estan construidos sobre nexus (no se como llego alli), de ahi las "puertas" que se abren con los laser, contruidas como medida de contencion hacia los tlo'n o algo asi.
en un momento dado (supongo que por los experimentos que se estaban haciendo en el nexus) la cosa se desmadra y el laboratorio se invade de enemigos. los militares intentan detenerlos en vano. ya que no lo consiguen mandan una bomba atomica para destruir e nexus (la explosion del principio), pero no consiguen parar la invasion.
aqui entra derrick, que es objeto de estudio durante un monton de tiempo. el es el unico al que los experimentos sobre el nexus han tenido efecto, y se supone que el es el unico capaz de parar la invasion, pero no lo consigue y solace le da una paliza.
en este momento, de alguna manera derrick es enviado al futuro, 15 años depues. la invasion de los t'lon se ha extendido ( no se si a toda la tierra)., y elcarece de recuerdos, de ahi que lo metan en la maquina esa para intentar hacerle recordarlo todo( como han dicho mas arriba). si os habeis fijado en la primera parte del juego aparece un hud (barra de vida y eso), pero despues no aparece nada porque se supone que es la realidad.
aqui es donde derrick conoce a alex por primera vez.
en todo este tiempo el profesor ha seguido con sus investigaciones y ha conseguido desarrollar un super-acelerador, que le dara a derrick casi los mismos poderes que solace.
en este momento se produce el efecto pendulo que hace que derrick viaje a su tiempo , justo cuando solace rapta a alex, supongo que elviaje en el tiempo solo se porduce cuando hay un punto de inflexion en el protagonista, el se culpa de que haya perdido a alex por su culpa , por eso regresa justo ahi (eso son suposiciones mias)
ahora, derrick consigue salvar a la doctora y evitar el lanzamiento de la bomba, rescatar a alex , vencer al malo y destruir nexus.
en el final del juego alex da a entender que hay varias "realidades alternativas" y que han conseguido salvar una , pero la suya todavia sigue invadida por los t'lon.
cuando de vuelve a producir el efecto pendulo, alex salta del avion y tu con ella para salvar su realidad.
eso es todo lo que he conseguido averiguar sin saber japones, supongo que en las notas que te encuentras te daran mas datos.
saludos.