Lo del IRPF es una idiotez calcularlo así.
¿Que más dan los pagos fraccionados si lo importante es lo que salga a final de año?
Que haga una simulación de IRPF metiendo todas las deducciones, circunstancias personales, ingresos, gastos, etc y que mire lo que sale.
A pagar 10.000? Pues eso es lo que hay que tener en cuenta. Que luego en pagos fraccionados se paguen 1000 y al presentar la declaración el resto, es indiferente para el cálculo del neto/bruto que se busca.
Respecto al IVA, si la otra empresa es UE hay que darse de alta en el Registro de Operadores Intracomunitarios y presentar los modelos 349 correspondientes. En ese caso no solo no tendrá que pagar IVA sino que siempre le saldrá a devolver si tiene algún gasto que cumpla los requisitos para la deducción del IVA.
Si no es empresa UE habría que ver exactamente la actividad y el lugar de utilización del resultado pero en general no habrá sujeción al IVA español.