Para diferenciar los puertos IDE primario y secundario de la placa base debes de fijarte en el color de dicho puerto:
Primaro IDE = Azul
Secundario IDE = Negro , pues para descartar que este sea el problema conecta el disco duro en el puerto primario (azul), si en el mismo puerto aparte de tener el disco duro tienes o bien otro disco duro o una lectora/grabadora, asegurate de que la CLAVIJA NEGRA del CABLE IDE lo tengas conectado al disco duro y la CLAVIJA GRIS al otro dispositivo, ya que negro sería master y gris slave, evidentemente tienes que tener los jumpers del disco duro puestos con esta configuración...si el disco es sata viene como master, lo único que puedes configurar con los jumpers es la tasa de trasnferencia