Seguramente sera archivos temporales del sistema, puntos de restauración automáticos....etc
1º Pasale malwarebytes Anti-Malware. Te lo puedes bajar gratuitamente de la pagina oficial.
2º Pasale el adwcleaner. Lo pones en google y te sale en la primera opción.
¿Y cuando el disco duro esta al 100% que muestra el administrador de tareas en Procesos?
¿Tienes algún programa de descarga de archivos tipo utorrent, kazaa o algo parecido ejecutado cuando pasa eso?
Un buen antivirus gratuito no se decirte, pero yo estoy usando mucho el panda antivirus cloud en la nube. Y por ahora cumple.
También puedes intentar pesarla un rescue antivirus. Lo suelen tener todos los antivirus de renombre. Es un livecd que te bajas y lo grabas en un cd o en un pendrive. Lo ejecutas en la ejecución del pc y el se baja las ultimas updates automáticamente de virus y hace un escaneo profundo a ver si tienes virus, después los eliminas y listo.
Por ejemplo pon en google: rescue bitdefender y te sale para bajar.