Con eBooks... ¿te refieres PDF? Porque, no creo que encuentres ningún lector que te permita "subrayar", porque o suelen estar protegidos o muchos son imágenes (en lugar de texto).
No se, de todas formas tengo curiosidad por saber si hay algún formato de "eBook" libre y estándard (no creo que te refieras a DocBook, ni a ODT).
Saludos!