Solucionado el problema del XeXMenu, resulta que debe tener alguna cache o config fuera de su directorio para la vinculación de los juegos, en mi caso la mayoría estan en el USB y al no encontrarlos petaba, es decir, si arrancaba el XeXMenu desde el dash metro sin el disco USB tenía un bonito "fatal crash", por eso desde el Freestyle funcionaba, porque lo arrancaba con el disco USB puesto. Debería tener por ahí algún tipo de config o "reset to default" para estos casos pero es que ya no le podemos pedir más a un hombrew de hace un par de años, sólo darle las gracias de que todavía funcione, XeXMenu 2.0c liberado YA!
En cuanto a los accesos directos manuales con el nuevo dash no es que no funcionen sino que te apuntan todos o la mayoría a una misma ubicación, en mi caso al Freestyle 1.2, es cuestión de lanzarlos dándole a la X en vez de entrar con la A y listos.