Si estás buscando con el Finder (supongo que si), te darás cuenta que al hacer la búsqueda por defecto te busca en tu mac, no en el dispositivo que estás, eso tiene solución en preferencias, puedes modificar las opciones de búsqueda para que te busque en la carpeta en cuestión que estas tratando de buscar. No obstante, tal y como lo tienes ahora mismo configurado, al darle a buscar si te fíjas bien, justo al lado de la casilla buscar, aparecerá Este mac, y el nombre del dispositivo o carpeta donde estas buscando, pícale en el nombre de la carpeta en concreto para que la búsqueda la haga ahi.
Te han aparecido al copiarlas al escritorio precistamente por esto que te argumento, por que por defecto la búsqueda la hace directamente en el disco interno, tienes tu que picarle para decirle que lo busque en la carpeta una vez realizada la búsqueda.
Un saludo.