No es necesario que instales otros programas para poder realizar la comprobación de los archivos, desde la terminal con md5sum puedes realizar un archivo de verificación para utilizarlo al final del copiado.
Si entre los archivos que vas a copiar no hay ningún directorio, entonces usa el siguiente comando:
md5sum * > ~/md5sums.md5
Cuando hay directorios para copiar se usa el siguiente comando:
find -type f -exec md5sum "{}" \; > ~/md5sums.md5
Los anteriores comandos te van a crear el archivo md5sums.md5 en la siguiente ruta "/home/tu_usuario", si deseas que se guarde en otro lado, entonces necesitas especificar la ruta donde deseas guardar el archivo de verificación.
Al final para comprobar los archivos copiados, ejecutas el siguiente comando (el archivo md5sums.md5 debes de copiarlo a donde has realizado tu respaldo):
md5sum -c --quiet md5sums.md5
Si todo sale bien no deberas de ver ningun resultado en la terminal, de lo contrario, si existe alguna diferencia en algún archivo te especificara cual es el que no coincide.
Saludos.