Usa FFmpeg y un .bat con este código.
for %%x in ( "ruta*.avi" ) do (
ruta\ffmpeg.exe -i "%%x" -map 0:0 -map 0:1 -c copy "ruta\%%x"
)
La palabra ruta debes cambiarla por las rutas correspondientes de origen de archivos, de ffmpeg y de destino.
Deberás cambiar el parámetro map dependiendo de los archivos que tengas, pero funciona de acuerdo a los streams internos del archivo.
El valor antes de los dos puntos es el archivo (si trabajases con más de un archivo (uno con el vídeo y otro con el audio)), en este caso el primer, y único, archivo, o sea, el 0.
El valor después de los puntos es el stream. Normalmente el 0 es el vídeo y los demás los audios. Deberás poner un valor que corresponda con el stream que quieres preservar. Puedes saber los streams de un archivo (el resto serán igual) ejecutando FFmpeg, a secas, sobre un archivo.
ruta\ffmpeg.exe -i "archivo"
Deberás usar tantos "-map x:y" como streams quieras salvar.
Sobre lo que comentas del AVIDemux y Virtualdub, en realidad también puedes hacerlo con VirtualDub. Ten en cuenta que la instancia que tienes abierta de VirtualDub preserva las opciones, es decir, cada vez que abres un archivo, hará lo mismo que con el anterior. Y los puedes salvar a los "jobs" (tareas, tecla F4) mediante mayúsculas+F7 (shift+F7).
¿Es más coñazo con Virtualdub, incluso con las tareas?, sí, pero no tienes que ir uno por uno en el sentido de uno, esperar a copiar, siguiente, esperar a copiar, siguiente, etc; aunque tendrías que repetirlo 100 veces.
Con FFmpeg + .bat evitas la repetición, eso sí.
