O no te entiendo bien o no estoy muy lúcido a estas horas...
¿Un gestor de MySQL? Osea, tenéis ya la base de datos y quieres algo que facilite hacer consultas a nivel SQL (SELECT .....) o un programa que te cree una base de datos como tu quieres y que la gestone solito y demás?
Si es lo primero .... hay muchas alternativas (incluso en PHP vía web), pero te recomiendo MySql Query-browser
Si es lo 2º ni idea