Hola:
Solo faltaria que te dijesemos un programa libre y nos dijeses que no, que prefieres una aplicacion privativa
.
Para hacer graficas solo conozco gnuplot (
http://www.gnuplot.info). Que hace cualquier tipo de grafica, aunque supongo que hay que darselo mascadito o no hara nada.
Seguramente lo mas facil es usar un software estadistico, por ejemplo minitab (
http://www.minitab.com/) de pago, para windows, imagino que carisimo, pero puedes pedir una demo de 30 dias y en mi universidad lo tiene, es probable que en la tuya si tocan algo de estadistica lo tengan tambien. Debe de haber algo libre que haga esto tambien, pero no la conozco, ademas minitab es una maravilla haciendolo.
Y de manera mas simple aun con el excel o su equivalente de open office tambien podras, si guardas los datos en un archivo de texto separando cada columna con un tabulador y acabando cada linea con un enter lo suele aceptar (minitab tambien lo acepta asi) y sino separando por comas creo que tambien funciona.
Saludos