Gracias por tu respuesta icebox2,
Investigando un poco, he dado con que efectivamente y en concreto:
Pin 3: Abrir/Cerrar
Pin 4: Estado de la Bandeja
Por lo que he podido deducir, que cuando el DosFlash re envía el misterioso comando al lector, la consola entiende que está en un continuo Abrir y Cerrar (o comprobando el Estado de la Bandeja, no lo tengo del todo claro), pues cuando pulsamos el botón de expulsión, el LED parpadea así.
Según he podido leer por ahí, si en el Pin 4 hay +3.3V, la bandeja está abierta, y si hay 0V, la bandeja está cerrada, lo que podría explicar el parpadeo, pero ésto significaría que mientras se abre, desconoce aún si está abierto o cerrado, dándose así la causa del parpadeo.
Pero aún sigue sin quedarme del todo claro por qué no da ningún código de error durante la modificación.
Saludos y gracias