Si puedes cat6 mejor. Aunque tenga la misma velocidad te dará más tolerancia a errores y de cara al futuro es mucho mejor, piensa que el cableado si se puede estará para siempre, si te pillas un buen router para hacerte una LAN en condiciones y te da por tener DLNA tele, NAS o lo que sea (vete tú a saber si en un futuro, que segurísimo, lo necesitarás) te vendrá bien y tendrás el mejor rendimiento.
En cuanto cat6 con cat5e simplemente el ancho de banda se reduce a 100 MHz, con lo que solo pierdes en ancho de banda.
Yo me voy a cablear casa y me da igual ahorrar un poco para hacerme algo guapo en casa y en condiciones.