Si, eso suele ser síntoma de no haber formateado correctamente la partición.
Para particiones mayores de 250 Gb hay que formatear con cluster de 32Kb mediante el xbpartitioner. En caso contrario, cuando llenes más de 250 Gb los datos empezaran a corromperse solapándose unos con otros, ya que la tabla de archivos de una particion formateadas por defecto a cluster de 16 Kb no alcanza para manejar datos más allá del fatidico límite de los 250 Gb.
Lo siento, Lo mejor que puedes hacer es no almacenar nada más, salvar por ftp todos los datos que aun no se hayan corrompido y formatear correctamente con el xbpartitioner asignando el tamaño correcto al cluster.
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