Al fin y al cabo la colocación de la caja es lo de menos, lo importante es que tenga buena refrigeración y acceso a aire, y si es fresco mejor.
Ten en cuenta que al PC le entra aire mas frio que el que sale, y se puede tener problemas si ese aire que sale no tiene espacio suficiente para poder salir vuelve a entrar de nuevo en el circuito de aire de la caja.
Si el aire caliente tiene buena salida, y puede entrar aire fresco, sin problemas.