Bueno... realmente no creo que haya una forma "correcta" y otra "incorrecta", es decir, son colecciones personales, por lo que todo es subjetivo
Oficialmente, está claro que si quieres coleccionar tendrías que conseguir caja, juego y manual original, todo lo "mint" posible, pero eso está al alcance de pocos bolsillos, y como dices, no digamos en el caso de los míticos.
Yo soy partidario de la colección práctica, es decir, colecciono de los sistemas que me gustan, en el formato que me gusta (ntsc-jap) y dentro del rango de precios que me puedo permitir, por lo que muchos juegos clásicos (rtype, super pang, metroid...) los tengo sueltos, por lo que soy partidario de buscar la opción mejor para almacenarlos en la estantería, y poder lucirlos de alguna manera.
Hay quien hace réplicas de cajas, todo lo parecido posible al original, en mi caso soy más práctico, ya que este tipo de replicas lleva bastante trabajo, sigue siendo cartón, que se puede volver a deteriorar, y necesitas artes en buena calidad para que el resultado sea bueno.
Yo estoy usando fundas de pvc para los cartuchos sueltos, forradas con papel adhesivo, a su vez forrado con forro transparente adhesivo, usando artes y lomos personalizados con las mejores imágenes de las portadas y contraportadas que encuentro en mister google...
En el fondo, el hacerte cajas es un pasatiempo en si mismo, así que como en todo, lo importante es que uno se lo pase bien y esté contento con el resultado, ya que, repito, es para la colección personal