Esto me paso a mi ayer, cambie de disco externo por uno de mayor capacidad, y solamente copie la estructura de el disco duro original( todos los juegos en formato GOD en una carpeta llamada games, cada uno con su propia carpeta designada por iso2god) y al conectarlo FSD no me reconocia ningún juego aun después de darle a "reset data".
Después de leer algo encontré una sugerencia de cambiarlos de carpeta. Entonces lo que hice fue crear una carpeta nueva con nombre "x" (el que tu gustes yo le puse "cambio") y una vez movidos configurarla en FSD 3 en la sección de gamepaths y darle un scan manual, esto me soluciono el problema inmediatamente.
Espero te ayude.