Haz la prueba del algodón, arranca el chimp sin hacer swap ni gaitas a ver si te aparece fatx, si es si es que está bien instalado, si es no, es que algo hay.
Uno de los motivos de que no te aparezca fatx a pesar de estar bien instalado, es que haya conflicto entre los dos discos duros, has probado a poner el jumper del disco duro original de la xbox en master y el nuevo en slave?, prueba y nos cuentas.