Para quitar la tapa de la carcasa que pone playstation 3 tienes que quitar el precinto de garantia que cubre el tornillo (un tornillo torx del 5 creo recordar) para quitar dicha tapa, que despues debajo de eso estan los tornillos para desmontar la consola completamente. El HD es otra cosa eso se puede perfectamente y no pierdes la garantia para nada, de echo pone en el manual como hacerlo y no necesitas quitar el precinto de garantia.
Asi que la respuesta es SI pierdes la garantia ya que necesitas quitar el precinto para desmontar la tapa de la carcasa.