En mi experiencia, la mayoría de los Windows actuales son "casi" capaces de reorganizarse para un cambio tan bruto como es el de una placa base. Desde WXP más o menos. Windows 98 por ejemplo daba 100% de las veces error en los controladores IDE, por lo que nunca más volvías a tener CDROM, y era más sencillo formatear, previo paso del disco duro como unidad D: en otro equipo para salvar los datos que se pudiera.
Con los kernels NT, aunque seguía siendo complicado, bajó el número de problemas, pero yo, ya entonces recomendaba lo que hago hoy: si es posible arrancar el equipo tras un cambio de placa (lo suele ser), salva lo que puedas, y formatea. Y en tu caso, que no lo haces por un fallo hardware: salva lo que puedas antes del cambio, y luego enchufa sólo el disco C:, deja quitados los discos con datos, ya los enchufarás cuando acabes. No sería la primera partición de datos que se elimina "por error" en la instalación
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Windows se desactivará 100% seguro también. Intenta volver a activarlo, llamando a Microsoft. O, instala el Windows que tuvieras antes de migrar a W10 y vuelve a migrar con la placa nueva.
Realmente, todos estos "caminos", "atajos", "trucos", son un campo desconocido para mi. Sigo sin saber (y lo peor, no veo a nadie que le importe por la web
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) que narices les pasa a las licencias de W7/8 que abandonamos al pasar a W10... ¿siguen activas? ¿Las puedo usar en otro equipo si son retail? Misterios de Microsoft
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Un saludo.