A ver creo que te estas liando, una cosa son los formatos de compresion y otra cosa son los formatos de las roms de MD. Roms comprimidas diria que solo acepta las que estan en zip, asi que lo que tienes hacer es descomprimirlas lo que tengas en rar o en 7z y vover a comprimirlas en zip, eso o simplemente si te da igual que ocupen mas espacio simplemente las descomprimes y ya esta.
De los formatos de roms de MD, el NeoGenesis carga formatos como el BIN o el SMD, el GEN no lo se ya que nunca he usado roms en ese formato.
Un saludo.