Pues no se que hagas, porque en photoshop y en si en cualquier software de edicion o se guarda en el formato nativo de dicho software -usas funciones de dicho software como capas, capas de filtros, mascaras, etc.- o si los cambios son pequeños sin requerir de las opciones avanzadas se guarda en el formato original del archivo, asi como ya te dijeron. Adems tienes la opcion de SAVE COPY AS.. que esa me parece si es flexible para lo de dejar un formato.
Quiza estes usando un software no muy adecuado para lo que estes haciendo, quiza un software administrador de imagenes, el cual tiene opciones sencillas de edicion, funciones am'lias para el guardar en diferentes formatos y en procesamiento por lotes. Quiza eso sea lo que mas requieres.