Hola, puedes dejar los archivos en la nube y bajarlos cuando quieras:
-Botón derecho en la carpeta de iCloud, elegir "eliminar descarga" en el archivo que quieras, eso lo borrará del disco, pero te lo puedes descargar cuando quieras, el fichero se quedará con un icono de una nube, que significa que está en la nube y no en tu Mac.
Saludos.