Pues la verdad es que no te puedo ayudar mucho con eso, yo el unico sitio donde lo he visto es en los makefiles de ejemplo que vienen con las PA LIBS y pone lo siguiente:
ARM7BIN := -7 $(PAPATH)/lib/arm7/arm7.bin
ICON := -b $(CURDIR)/../logo.bmp
LOGO := -o $(CURDIR)/../logo_wifi.bmp
@ndstool -c $@ -9 $(TARGET).bin $(ARM7BIN) $(LOGO) $(ICON) "$(TEXT1);$(TEXT2);$(TEXT3)"
(Creo ke antes te lo dije mal, el -o parece ser pa el logo del wifi ese que aparece al principio, el -b es para el icono que dices)
He probado a hacer eso a mano y me da error el programa.
A ver si tu lo entiendes mejor o tienes mas suerte, sorry