Para ver la frecuencia de refresco del monitor, ejecuta en la consola la instruccion xvidtune
No te preocupes por el mensaje warning, dale a ok y ya esta.
Para cambiarla, yo lo que hice fue ir moviendo el Wider o el Narrower hasta poner la frecuencia deseada (ESTATE MUY SEGURO DE LAS FRECUENCIAS QUE SOPORTA TU MONITOR), despues le das a test, y ves como se queda la imagen, si esta muy para la izquierda, o muy a la derecha o para arriba, etc, eso lo arreglas con los comandos left right up y down (logicamente).
Cuando al darle a test, la imagen ya este perfectamente centrada y con la frecuencia deseada, creas un modeline; para eso pulsar sobre show.
Ahora en la consola aparecera el nuevo modeline que tendras que introducir en el XF86Config-4 (dentro de /etc/X11) (simplemente escribes modeline "comandos que dio el show" y ya esta. (no tiene ciencia, fijate en los modeline que aparecen por defecto y hazlo igual).
Los otros modelines, no hace falta que los borres, solo ponles # delante, y asi seran ignorados.
Copia tu nuevo modeline debajo de todos ellos, reinicia las 'X' y listo.